Marcin Kowalczyk został piłkarzem Ruchu Chorzów.
W Ekstraklasie debiutował w GKS Bełchatów. Z tym też klubem zdobył wicemistrzostwo Polski. Wiosną 2008 r. wyjechał do Rosji gdzie trzy lata grał w Dinamo Moskwa. Był to też okres jego debiutu w reprezentacji Polski. W następnych latach grał między innymi w Zagłębiu i w Śląsku Wrocław. 31-letni obrońca przez ostatnie półtora roku grał w rosyjskim FK Tosno. Z "Niebieskimi" związał się dwuletnim kontraktem.
